Des scientifiques ont travaillé sur les risques génétiques liés au COVID-19. Ils ont pu identifier un gène faisant office de facteur aggravant pour la maladie. Celui-ci double carrément le risque de contracter la maladie chez certaines personnes et augmente sensiblement leur risque de décès.
Le fameux gène porte le nom de LZTFL1. Celui-ci intervient dans la régulation des cellules pulmonaires en réponse à l’infection. Lorsqu’une personne possède la version à risque du gène, elle voit les cellules de ses poumons faire moins d’effort pour lutter contre la maladie. Ce qui augmente donc les risques d’infection et de décès.
D’un autre côté, les mêmes recherches ont démontré que la version défaillante du gène est plus présente chez certains peuples que d’autres. Ainsi, les personnes originaires d’Asie du Sud ont 60 % de chance de disposer du gène alors que seul 1,8 % des Asiatiques de l’Est sont exposés.
Les personnes d’ascendance européenne ont un taux de prévalence de 15 % contre seulement 2,4 % pour celles d’origine africaine.
LZTFL, un facteur à risque très important pour le Covid-19
Depuis le déclenchement de la pandémie, plusieurs études ont été réalisées pour mieux cerner le virus à l’origine de la maladie. Plusieurs facteurs augmentent le risque d’infection et de décès. Il s’agit notamment de l’âge, de certaines comorbidités comme le surpoids ou encore de la situation socio-économique.
Ceux-ci ont une influence sur le degré d’exposition au virus et à la qualité de soins reçus par le malade. Avant d’aller plus loin, le professeur James Davies a tenu à rappeler cela. Celui-ci est professeur de génomique à l’université d’Oxford et l’un des responsables de la recherche réalisée. Il s’adressait à Live Science dans un entretien relayé ce jour par Science Alert.
Pour étayer cela, il n’a pas hésité à prendre l’exemple de l’Inde qui a connu une vague de mort très importante liée à la variante delta du virus. Une situation qui fut largement favorisée par le taux de prévalence élevé aux maladies cardiaques et au diabète de type 2 enregistré dans le pays.
Selon lui cette découverte est la plus importante faite jusqu’à ce jour en ce qui concerne les facteurs génétiques. L’impact du LZTFL est tout simplement considérable. Selon Davies, le fait de porter la version à risque du gène revient à avoir dix ans de plus en ce qui concerne le risque de développer une forme sévère du COVID-19.
Jim Hughes, professeur de régulation génétique à l’université d’Oxford, va également dans le même sens. Ayant codirigé les recherches, il pense que la capacité du gène à multiplier la gravité de la maladie est tout simplement énorme. Particulièrement lorsqu’on compare les résultats obtenus avec ceux réalisés avec d’autres facteurs aggravants comme le diabète ou l’obésité.
Une découverte sanctionnant un travail de fourmi
Avant d’arriver à isoler le gène responsable, l’équipe de recherche a d’abord réalisé une étude d’association pangénomique (GWAS). Cette dernière nécessite de comparer des génomes de deux groupes de patients.
Le premier groupe est constitué de patients souffrant d’une forme sévère du COVID-19. Le deuxième groupe de son côté sert de témoin. Il se constitue de personnes ne présentant aucun signe d’infection, mais qui l’ont déjà développé par le passé avec des symptômes légers.
Cette étude a permis d’isoler une série de gènes qui étaient plus fréquents chez les malades que chez les patients témoins. Toutefois, ce ne fut pas une partie de plaisir de déterminer les gènes qui étaient réellement à l’origine de l’augmentation de ce facteur d’aggravation.
Selon les déclarations de Jim Hughes, les variations dans les gènes d’un groupe à un autre sont souvent en bloc. Ce qui rend plus difficile de savoir la variation qui est clairement à l’origine. En plus de cela, les séquences génétiques que les scientifiques cherchaient à comprendre n’étaient pas du genre simple, direct et fournissant le plan d’une protéine.
Il s’agissait plutôt de séquences non codantes qui ont pour rôle de réguler l’expression d’autres gènes. Elles activent et désactivent les gènes cibles, les augmentent et les diminuent à différents moments dans différents tissus selon les explications de Hughes.
Pour ne rien arranger, lesdites séquences amplificatrices sont très complexes et souvent éloignées des gènes qu’elles régulent. De quoi s’arracher tous les cheveux de la tête. L’équipe ne s’est pas pour autant défilée face à cette montagne de problème. Pour la résoudre, les chercheurs se sont appuyés sur la technique de l’apprentissage automatique.
Cette dernière permet de prédire à l’aide d’une séquence d’ADN, la fonction d’un activateur ainsi que le type de cellule dans lequel il fonctionne. L’équipe fut surprise de constater que la séquence à risque agissait sur les cellules pulmonaires plutôt sur les gènes liés au système immunitaire.
Par la suite, les chercheurs ont recouru à une technique appelée Micro Capture-C. Cette dernière permet de déterminer le gène sur lequel agissait la séquence amplificatrice isolée précédemment. Il s’est avéré qu’il s’agissait d’un seul gène : le fameux LZTFL1.
Un espoir existe néanmoins pour les personnes disposant du gène défaillant
L’équipe a également eu à étudier les biopsies pulmonaires de personnes mortes du COVID-19. Ils ont constaté que les poumons de ces derniers présentaient de grandes zones de cellules déspécialisées. Ce qui selon les scientifiques serait dû à une tentative infructueuse des poumons de se protéger.
Pour le moment, cette hypothèse n’est pas encore vérifiée selon les déclarations de Davies. Ce dernier a également ajouté que les cellules pulmonaires déspécialisées disposaient de moins de récepteurs ACE2. Or, ces derniers sont connus pour être les portes d’entrée du SRAS-CoV-2 à l’intérieur des poumons.
Ce qui vient donner un peu plus de poids à l’idée selon laquelle les cellules déspécialisées protègent les cellules pulmonaires contre le virus. De là, on pourrait également déduire que chez les personnes disposant de LZTFL1 défaillant, la constitution de cette barrière de défense est ralentie. Ce qui donne suffisamment le temps au virus pour ravager les poumons et donc d’entrainer les complications respiratoires ou la mort.
Néanmoins, pour Davies seules des recherches plus poussées permettront de valider ou d’infirmer l’hypothèse. De manière générale, cette découverte pourrait amener à trouver de nouveaux traitements plus efficaces contre le COVID-19.
En attendant, pour le professeur Davies, porter le gène n’est pas du tout une condamnation à mort. Il augmente juste le risque d’aggravation. Il peut arriver qu’une personne ayant ce gène défaillant dans son organisme ne contracte jamais la maladie.
En plus de cela, puisque le gène n’intervient pas dans le système immunitaire, les personnes à risque peuvent se protéger en ayant recours aux différents vaccins anti-COVID. Il conclut d’ailleurs en disant que la vaccination peut permettre d’annihiler l’impact du gène défaillant sur la santé humaine.