Ce qui rend chaque ville unique

Maintenant, il est possible de savoir de quelle ville vous venez en effectuant un simple prélèvement sur la semelle de votre chaussure. En tout cas, c’est ce qu’assurent les chercheurs du consortium MetaSUB (Metagenomics and Metadesign of Subways and Urban Biomes) dirigé par l’Université de Cornell. Ces derniers sont les auteurs d’une étude publiée le 26 mai 2021 dans la revue scientifique Cell.

Leurs travaux révèlent que chaque ville possède une empreinte microbienne qui lui est propre. Cette empreinte est un mélange de micro-organismes, également connu sous le nom de microbiome. Grâce à son analyse, il est possible de faire la distinction entre les différentes villes du monde.

La ville de Los Angeles (Californie) sous le smog
Photo de David Mark. Crédits Pixabay

Des prélèvements effectués aux quatre coins du globe ont permis aux scientifiques d’établir une carte des écosystèmes microbiens urbains. Et autant dire qu’il s’agit d’une première !

Des prélèvements réalisés dans les transports publics

Cette étude n’a pas été des plus faciles à mener. En effet, pour élaborer cette carte, les chercheurs ont dû faire des prélèvements dans 60 villes de 32 pays. Pour les besoins de leurs travaux, ils se sont surtout concentrés sur les transports publics, notamment les métros et les bus.

Les auteurs de cette étude ont pu compter sur l’aide de 900 volontaires pour effectuer ces prélèvements. Au total, cette équipe répartie un peu partout dans le monde a prélevé environ 4 728 échantillons. Ils ont passé au peigne fin les bancs, les tourniquets ou encore les barres des transports en commun.

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Une étude qui a permis la découverte de nouveaux micro-organismes

C’est en réalisant un séquençage génétique avec ces échantillons que les chercheurs ont pu établir une carte des microbiomes urbains. David Danko, un des auteurs de l’étude, a souligné les différences entre les empreintes microbiennes de chaque ville.

« Un microbiome correspond à l’endroit où il a été collecté. Un échantillon dans une ville côtière peut contenir des microbes adaptés au sel tandis qu’un échantillon venant d’une cité densément peuplée montrera une frappante biodiversité. »

Dans leur étude, les scientifiques ont pris l’exemple de New York. D’après eux, le microbiome de cette ville est riche en Carnobacterium inhibens. Cette bactérie est connue pour être très résistante aux basses températures.

Grâce à ces travaux, les chercheurs ont aussi pu découvrir environ 11 000 virus et 700 bactéries qui étaient jusqu’alors restés inconnus.