On vit avec la Covid-19 depuis un peu plus d’un an. Durant tout ce temps, les chercheurs ont essayé de déterminer d’où venait exactement le SARS-CoV-2, le virus responsable du Coronavirus. Ils ont émis plusieurs hypothèses à ce sujet. Cependant, aucune d’entre elles n’a pu être formellement prouvée.
La théorie qui revient le plus souvent concernant la Covid-19 est qu’elle proviendrait des chauves-souris. Lors d’un entretien accordé au site Live Science, le Dr Amesh Adakja, du John Hopkins Center for Health Security de Baltimore (États-Unis), a soutenu cette hypothèse. D’après lui, de nombreux virus apparentés au SARS-CoV-2 circulent dans les chauves-souris.
Les coronavirus MERS-CoV et SARS-CoV avaient déjà causé des épidémies, par le passé. Ils s’étaient multipliés dans les chauves-souris avant de migrer vers les humains via un hôte un intermédiaire.
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Des génomes qui présentent de grandes similarités
Au début de la pandémie, des chercheurs de l’Institut de virologie de Wuhan ont étudié le cas du RaTG13. Il s’agit d’une souche de coronavirus que l’on trouve le plus souvent chez les Rhinolophes, également connus sous le nom de chauves-souris fer à cheval. Des analyses leur ont permis de découvrir que le génome du RaTG13 est 96% identique à celui du SARS-CoV-2.
Cela fait du RaTG13 le cousin le plus proche du Coronavirus actuel. Les chercheurs ont indiqué que les 4% qui séparent le SARS-CoV-2 du RaTG13 signifient que la dernière fois qu’ils ont partagé un ancêtre commun c’était il y a environ 50 ans. Cela suggère qu’il doit y avoir une espèce intermédiaire entre les deux souches.
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Les chauves-souris, des réservoirs du coronavirus
Juste après le RaTG13, nous avons le RmYN02. Son génome est identique à celui du SARS-CoV-2 à 93,3%. Il provient également des chauves-souris. En 2010, des coronavirus similaires ont été découverts chez les Rhinolophus shameli qui appartiennent également à la famille des chauves-souris fer à cheval. Les génomes de ces coronavirus (RsHSTT200 et RsHSTT182) sont 92,6% similaires à celui du SARS-CoV-2.
Pour les chercheurs, ces chiffres prouvent clairement que les chauves-souris sont des réservoirs du coronavirus. Une question persiste toutefois. Comment le SARS-CoV-2 a-t-il opéré les changements nécessaires pour infecter les cellules humaines ? Il est dit que ce processus a pu avoir lieu dans les chauves-souris. Il est également possible que le virus ait migré vers un hôte intermédiaire tel que le pangolin qui lui a permis d’évoluer.
Ces hypothèses restent encore à vérifier.