On a découvert un nouveau gène caché dans le SARS-CoV-2

Le virus SARS-CoV-2 responsable de la pandémie de Covid-19 actuelle vient une fois de plus de surprendre les scientifiques. Récemment, des chercheurs ont en effet découvert que le virus possédait un gène caché dans son code génétique. Le gène en question est de ce que l’on appelle un gène à chevauchement, en d’autres termes un « gène à l’intérieur d’un autre gène ». Ce type de gène est bien caché dans un cordon de nucléotides à cause de la façon dont il chevauche les séquences codées des autres gènes.

Selon le bio-informaticien Chase Nelson de l’American Museum of Natural History, le virus SARS-CoV-2 et les virus similaires font partie des virus à ARN les plus longs qui existent en termes de taille du génome. Ils ont le plus de probabilité de cacher des surprises au niveau du génome comparé aux autres virus à ARN.

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Le gène qui vient d’être identifié est dénommé ORF3d et les scientifiques sont actuellement en train de l’étudier. En tout cas, selon les chercheurs, cette découverte était un peu à prévoir car la probabilité de détecter des gènes qui se chevauchent est assez élevée chez les virus.

Un type de gène difficile à détecter

Il est connu des scientifiques que les gènes à chevauchement sont difficiles à identifier dans les séquences génétiques. Il est en effet facile pour les systèmes de scan génomique de les rater dans l’ensemble du code génétique car ces systèmes sont programmés pour repérer les gènes individuels mais pas nécessairement les instructions partagées entre les nucléotides des gènes adjacents dans une séquence.

D’après les explications de Nelson, rater des gènes à chevauchement peut causer le risque de passer à côté d’aspects importants de la biologie virale. Ce type de gène caché pourrait être l’un des moyens permettant aux coronavirus d’évoluer et de se reproduire aussi efficacement, et aussi de battre le système immunitaire d’une personne et d’être transmis.

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Qu’est-ce qu’on sait de ce gène caché ?

Pour ce qui est du gène ORF3d, les scientifiques doivent encore chercher la raison pour laquelle elle se trouve dans le génome. Toutefois, ils ont découvert en vérifiant les bases de données génomiques que ce gène avait déjà été identifié auparavant. Seulement, l’identification s’est uniquement faite sur une variante du coronavirus qui affecte les pangolins, et qui a été découverte à Guangxi en Chine.

L’on sait également que ce gène nouvellement détecté avait par le passé été classifié de façon erronée comme étant un autre gène nommé ORF3b également présent dans d’autres coronavirus. Sur ce point, Nelson explique que les deux gènes n’ont pas de relations entre eux et encodent des protéines totalement différentes. Ainsi, il ne faut pas appliquer ce que l’on sait à propos de SARS-CoV ORF3b  au gène SARS-CoV-2 ORF3d.

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Les chercheurs indiquent que la seule chose que l’on sait actuellement sur le gène caché est qu’il provoque une réponse forte des anticorps. Attendons ainsi de voir ce que des études plus poussées vont révéler à propos de ce gène encore si mystérieux.

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